Même à des fins thérapeutiques, le clonage d'embryons humains ne sera donc pas autorisé en France. En décidant de maintenir cette interdiction, le gouvernement a choisi de suivre l'avis du Conseil d'État. Le projet de loi autorise, en revanche, la recherche thérapeutique sur les embryons humains qui était interdite par les lois de 1994. Toutefois, cette recherche devra être soumise à des conditions extrêmement strictes : les recherches devront être menées sur des embryons congelés surnuméraires (obtenus au cours d'une fécondation in vitro) sans projet parental; elles devront avoir une finalité médicale; les deux membres du couple devront y avoir expressément consenti.
Sur ce chapitre, le texte prévoit également, d'une part, d'interdire toutes formes de discrimination en raison de caractéristiques génétiques et, d'autre part, de créer une « Agence de la procréation, de l'embryologie et de la génétique humaine », chargée d'encadrer le travail des scientifiques. L'APEGH, dotée d'un Haut conseil multidisciplinaire, aura pour mission de suivre les découvertes touchant à la reproduction, la biologie et la génétique et pourra émettre des avis qui seront rendus publics.

Par ailleurs, le projet de loi facilite les dons d'organe par des personnes vivantes. Alors que les lois de 1994 autorisaient uniquement la famille proche (père, mère, frères et sœurs) ainsi que le conjoint (mais dans les cas d'urgence) à faire ces dons, cette autorisation de prélèvement est élargie à « toute personne majeure et capable, ayant avec le receveur des relations ‘étroites et stables' ». La condition d'urgence pour le conjoint sera supprimée.

Le Premier ministre, Lionel Jospin, a souhaité que ce projet de loi sur la bioéthique fasse l'objet de larges discussions au Parlement, « compte tenu des questions fortes qui restent en suspens ». Le texte sera présenté en première lecture à l'Assemblée nationale, début 2002.